एनआईईआर: ऑटोमेटा में हथियारों का एक विविध शस्त्रागार है, जो खिलाड़ियों को कई प्लेथ्रू में प्रयोग करने की अनुमति देता है। प्रत्येक हथियार कई उन्नयन स्तर प्रदान करता है, उनकी व्यवहार्यता बढ़ाता है और यदि वांछित हो तो एक ही पसंदीदा हथियार के साथ खेल को पूरा करने में सक्षम बनाता है।
प्रतिरोध शिविर में हथियार उन्नयन आसानी से उपलब्ध हैं, हालांकि उनके लिए विशिष्ट संसाधनों की आवश्यकता होती है। एक विशेष रूप से मांग वाली सामग्री, बीस्ट हाइड्स, आसानी से प्राप्त नहीं होती है; यह मार्गदर्शिका कुशल कृषि रणनीतियों का विवरण देती है।
जानवरों की खालें मूस और सूअर जैसे वन्यजीवों की संभावित बूंदें हैं। ये जीव निर्दिष्ट मानचित्र क्षेत्रों में बेतरतीब ढंग से अंडे देते हैं, आमतौर पर खिलाड़ियों और रोबोटों से बचते हुए। मिनी-मैप पर उनके सफेद चिह्न उन्हें मशीनों के काले चिह्न से अलग करते हैं। हालाँकि, मशीनों के विपरीत, वन्यजीव बार-बार प्रतिक्रिया नहीं करते हैं, जिसके लिए रणनीतिक खोज की आवश्यकता होती है।
मूस और सूअर विशेष रूप से बर्बाद शहर और वन क्षेत्रों में निवास करते हैं। खिलाड़ी के हमलों पर उनकी प्रतिक्रिया स्तर के अंतर पर निर्भर करती है; उच्च स्तर के जानवर भाग सकते हैं, जबकि निचले स्तर के जानवर हमला कर सकते हैं। अकेले निकटता ही उच्च स्तर के जानवरों से आक्रामकता को ट्रिगर कर सकती है। वन्यजीवों का स्वास्थ्य भी काफी अच्छा होता है, जिससे खेल के शुरुआती मुकाबले चुनौतीपूर्ण हो जाते हैं, खासकर समान स्तर वाले या उच्च स्तर वाले प्राणियों के खिलाफ।
जानवरों का चारा शिकार को सरल बनाकर वन्यजीवों को करीब ला सकता है।
मुख्य कहानी के दौरान वन्यजीवों के गैर-निरंतर प्रजनन के कारण, शिकार को अन्वेषण के साथ एकीकृत किया जाना चाहिए। वन्यजीव और मशीन श्वसन इन पैटर्न का अनुसरण करते हैं:
कुशल बीस्ट हाइड खेती में सीधी पद्धति का अभाव है। जंगल और शहर के खंडहरों को पार करते समय सामना किए गए वन्यजीवों को लगातार खत्म करने से आमतौर पर पर्याप्त खाल मिलती है। अपेक्षाकृत उच्च गिरावट दर यह सुनिश्चित करती है कि अत्यधिक खाल जमा करना तब तक संभव नहीं है जब तक कि वर्तमान में सुसज्जित हथियारों से अधिक हथियारों को अपग्रेड न किया जाए।