O enredo principal de "NieR: Automata" é dividido em três processos. Embora haja muita sobreposição entre as duas primeiras passagens, a terceira deixa claro que ainda há muita história para explorar, mesmo após a primeira jogada.
Embora você precise completar três processos principais, existem vários finais no jogo, alguns são mais completos que outros e alguns exigem que você desempenhe funções específicas e execute ações específicas. Listados abaixo estão todos os três personagens jogáveis e como alternar entre eles.
A história de "NieR: Automata" gira em torno de 2B, 9S e A2. 2B e 9S são parceiros e dependendo de quanto tempo você gasta em cada processo, os dois provavelmente terão mais tempo de jogo. Cada personagem tem seu próprio estilo de luta e, mesmo que você sempre equipe o mesmo chip plug-in, jogar com cada personagem em todas as três transmissões traz uma nova experiência. 2B, 9S e A2 são personagens controláveis ao longo do jogo, mas trocar de personagem de controle pode não ser fácil.
No primeiro processo do jogo, você não pode trocar de personagem em nenhum momento. O personagem que você controla em cada processo é:
Depois de selecionar um dos finais principais do jogo, você desbloqueará o Modo de Seleção de Capítulo, onde agora poderá escolher o personagem que deseja controlar. Usando o modo de seleção de capítulo, você pode escolher qualquer um dos 17 capítulos do jogo para recomeçar. Em muitos capítulos, você verá os números no lado direito da tela mudarem com base nas missões secundárias concluídas ou incompletas. Se um personagem exibir algum número no capítulo, você poderá optar por reproduzir o capítulo como esse personagem.
Alguns capítulos posteriores, principalmente o processo 3, só permitem que você jogue capítulos específicos com personagens específicos, isso não mudará. A Seleção de Capítulo permite que você altere seu personagem a qualquer momento, mas você também precisará alterar o progresso do jogo para onde quer que esse personagem possa controlar na história principal. Contanto que você salve o jogo antes de entrar em outro capítulo, todas as ações concluídas no modo de seleção de capítulo serão mantidas, permitindo que você aumente o nível compartilhado de todos os três personagens à medida que avança para o nível máximo.